Según las recopilaciones más aceptables, desde la era Heian en China hasta la era Kamakura en Japón, el Ninjutsu tuvo su más grande desarrollo. Este arte se basa en una amalgama de trucos mágicos además de sus capacidades técnicas, teniendo como origen los lamasterios del Tíbet, desarrollándose por completo en China en los templos de Shaolin. Posteriormente pasó al Japón donde se perfeccionaron muchas de las increíbles técnicas que estan documentadas en manuscritos llamados Torimakis, muchos de estos registros no han podido ser descifrados hasta el día de hoy, debido a que usaban códigos secretos, para que no cayeran en manos enemigas. Estos diestros maestros en el arte de la invisibilidad desarrollaron técnicas y arsenales para infiltrarse en cualquier lugar, todo genialmente pensado. Las tácticas para combate y espionaje son desconcertantes para cualquier enemigo.Antiguamente las enseñanzas eran transmitidas de padres a hijos, siempre se consideró una tradición familiar, es por eso que cualquier persona extraña a una familia ninja que se convertía en practicante de ninjutsu era acogido como miembro de la familia con las responsabilidades y privilegios que le correspondían.Muchas de las técnicas de los ninjas se basan en la observación de la naturaleza, la astucia con la que atacan los animales a sus presas, el conocimiento del cuerpo humano y el ritmo natural del clima, de esta manera sus técnicas se desarrollaron en montañas, bosques, selvas, etc. Las practicas a campo abierto se realizan con el objetivo de ser más rápidos, más audaces, se considera que la naturaleza es el mejor circuito de entrenamiento, se convive con ella, es por eso que el ninjutsu se considera una forma de vida armónica con todos los miembros del universo y no un arte marcial.La resistencia al hambre, al dolor, a las adversidades del clima y al cansancio que un ninja adquiere son prodigiosas, su coraje y creatividad son admirables, sus habilidades y percepciones son desarrolladas al límite haciendo de él casi sobrehumano.Muchos pueden pensar que un entrenamiento de este tipo hoy no serviría para la vida cotidiana, y solo sería práctico en una actividad bélica, esto es totalmente contradictorio al pensamiento del Ninja, que se entrenaba y se entrena para ayudar a la gente, para ser mejor como persona y tener valores en un sistema perdido y caótico, no para dañar por doquier.